رضا مهرگان در تاریخ ۷ شهریورماه ۹۸، توسط نیروهای امنیتی در حوالی رامسر بازداشت و مدتی بعد از بازداشتگاه یکی از نهادهای امنیتی به بند عمومی زندان اوین منتقل شد.

این فعال مدنی در تاریخ ۸ دی ماه ۹۸، توسط شعیه ۲۶ دادگاه انقلاب تهران به ریاست قاضی ایمان افشاری از بابت اتهام “اجتماع و تبانی علیه امنیت کشور” به ۵ سال حبس، از بابت اتهام “فعالیت تبلیغی علیه نظام” به ۱ سال حبس، از بابت اتهام “اخلال در نظم عمومی” به ۱ سال حبس و ۷۴ ضربه شلاق و از حیث مجازات تکمیلی به دو سال اقامت اجباری در منطقه جعفرآباد از توابع آرین شهر خراسان جنوبی محکوم شد.

حکم صادره بعدا توسط شعبه ۳۶ دادگاه تجدید نظر استان تهران، به ریاست قاضی احمد زرگر، به ۶ سال حبس تعزیری تقلیل یافت. با اعمال ماده ۱۳۴ قانون مجازات اسلامی مجازات اشد یعنی ۵ سال حبس تعزیری در خصوص وی قابل اجرا است. در حکم تجدیدنظر با استناد به اینکه اقدامات انجام شده متهم در شرکت در تجمعات غیرقانونی مشمول بزه اجتماع و تبانی علیه امنیت کشور محسوب شده و نمی‌توان آن را دو اتهام اجتماع و تبانی علیه امنیت کشور و اخلال در نظم عمومی قلمداد نمود، آقای مهرگان را از بابت اتهام “اخلال در نظم عمومی” تبرئه کرد. دادگاه همچنین در دادنامه مجازات تکمیلی در خصوص وی را نیز حذف کرد. نهایتا با قانون کاهش حبس، مجازات وی به ۴ سال کاهش یافت.

رضا مهرگان در تاریخ ۱۰ آذرماه ۱۳۹۹، از بابت پرونده دیگری که علیه وی گشوده شده بود، از زندان اوین به شعبه ۲ بازپرسی دادسرای اوین به ریاست قاضی حاجی مرادی اعزام شد.

در جریان این جلسه بازپرسی این فعال مدنی به “تبلیغ علیه نظام” متهم شد و قرار بازداشت موقت برای آقای مهرگان صادر شد. مصداق اتهام این فعال مدنی “برگزار کردن مراسم جهلم جانباختگان اعتراضات سراسری آبان‌ماه ۹۸ در زندان” بود.