با وجود گذشت زمان، علت دقیق این انفجار هنوز به‌طور رسمی اعلام نشده و بررسی‌های کارشناسی در جریان است؛ هرچند منابع مختلف گمانه‌هایی درباره‌ی دلایل احتمالی آن مطرح کرده‌اند. یکی از فرضیه‌های مطرح‌شده، انفجار ناشی از کانتینرهای حاوی مواد شیمیایی و کالاهای خطرناک در محوطه‌ی اسکله‌ی بندر را عامل آغاز حادثه می‌داند. بنابر برخی گزارش‌ها، محوطه‌ی کانتینری موسوم به «سینا» محل نگهداری این مواد بوده و گمان می‌رود که انفجار اولیه از یک مخزن حاوی مواد نفتی حساس و شدیداً اشتعال‌زا متعلق به بخش خصوصی آغاز شده باشد. این روایت، بار دیگر ضرورت رعایت دقیق استانداردهای ایمنی در انبارداری و مدیریت مواد خطرناک را یادآور می‌شود و ضعف‌های موجود در این زمینه را برجسته می‌سازد.

در کنار سناریوی مربوط به مواد شیمیایی، فرضیه‌ی دیگری نیز بر احتمال خرابکاری و دخالت عوامل خارجی تاکید دارد. برخی منابع ادعا می‌کنند که انفجار با محموله‌های دو کشتی چینی حامل سدیم پرکلرات (ماده‌ای کلیدی در ساخت پیشرانه‌های موشکی) در ارتباط بوده است. این دیدگاه، جنبه‌های سیاسی و امنیتی حادثه را پررنگ می‌کند و احتمال مداخله‌ی خارجی با هدف ایجاد اختلال در زیرساخت‌های کشور را مطرح می‌سازد؛ هرچند تاکنون شواهد مستندی برای اثبات این ادعا ارائه نشده و شماری از ناظران نیز آن را مردود دانسته‌اند.

در همین حال نظریه‌ی سومی نیز وجود دارد که علت فاجعه را نه در عوامل بیرونی، بلکه در زنجیره‌ای از خطاهای داخلی جست‌وجو می‌کند. در واقع نظریه‌ی سوم علت اصلی حادثه را در مجموعه‌ای از عوامل انسانی و ساختاری می‌بیند و بر سوئمدیریت، ضعف در نظام ثبت و کنترل کالاها و عملکرد نادرست اپراتورها تمرکز دارد. بر اساس این دیدگاه، ریشه‌ی فاجعه نه در مداخله‌ی خارجی یا حمل غیرقانونی مواد خاص، بلکه در ناکارآمدی سامانه‌های نظارتی و اجرایی بندر نهفته است. مطابق این تحلیل، فرآیند ورود، ثبت، نگهداری و جابه‌جایی کالاها در بندر رجایی دچار نارسایی‌های جدی بوده است. برخی گزارش‌ها حاکی از آن ‌است که اطلاعات ثبت‌شده درباره‌ی محتوای کانتینرها یا ناقص بوده یا به‌درستی اظهار نشده است؛ در مواردی نیز نوع کالا با آن‌چه در اظهارنامه‌های گمرکی آمده، تطابق نداشته است. این بداظهاری‌ها، که می‌تواند ناشی از خطای انسانی، بی‌توجهی یا حتی تبانی در فرآیند واردات باشد، موجب شده تا مواد خطرناک بدون رعایت پروتکل‌های ایمنی لازم در کنار سایر کالاها انبار شوند. از سوی دیگر، آموزش ناکافی نیروهای اجرایی، ضعف دستورالعمل‌های عملیاتی و نبود نظارت موثر از سوی نهادهای مسئول نیز به‌عنوان عوامل تشدیدکننده‌ی بحران مطرح شده‌اند. نبود زیرساخت‌های مناسب برای شناسایی و تفکیک مواد حساس، استفاده از تجهیزات فرسوده و تاخیر در رسیدگی به هشدارهای اولیه، همگی نشان‌دهنده‌ی یک سیستم مدیریتی فرسوده و ناهماهنگ ‌است که قادر به کنترل ریسک‌های انبارش مواد خطرناک در یکی از حیاتی‌ترین بنادر کشور نبوده است. به‌طور کلی، این نظریه با برجسته‌کردن ابعاد انسانی و مدیریتی، تاکید دارد که حادثه‌ی بندر رجایی نه یک رویداد استثنایی، بلکه نتیجه‌ی طبیعی بی‌توجهی‌های مزمن، خلاهای قانونی و ضعف‌های ساختاری در حوزه‌ی لجستیک و مدیریت بنادر بوده است؛ واقعیتی که اگر به‌درستی مورد واکاوی و اصلاح قرار نگیرد، می‌تواند در آینده نیز فجایع مشابهی رقم بزند.

صرف‌نظر از این‌که کدام‌یک از نظریه‌های مطرح‌شده درباره‌ی علت حادثه‌ی بندر رجایی دقیق‌تر یا نهایی باشد، مسئولیت کلی حاکمیت به‌عنوان نهاد عالی تصمیم‌گیر و ناظر بر اداره‌ی کشور، از منظر حقوق عمومی و قواعد بنیادین حقوق اساسی، قابل انکار نیست. برابر اصول حقوقی، دولت و نهادهای حاکمیتی موظف‌اند تمهیدات لازم را برای حفظ امنیت عمومی، جان و مال شهروندان و پیشگیری از وقوع حوادث قابل پیش‌بینی فراهم آورند. کوتاهی در این وظایف، فارغ از وجود سوئنیت یا قصد مجرمانه، می‌تواند منشا مسئولیت مدنی، انتظامی یا حتی کیفری برای اشخاص حقیقی و حقوقی ذی‌ربط باشد. در فرضیه‌ی نخست که بر نگهداری نامناسب مواد خطرناک در محوطه‌ی بندر تاکید دارد، مسئولیت حاکمیت از باب فقدان نظارت موثر بر انبارش و حمل‌ونقل کالاهای خطرناک در یکی از حساس‌ترین زیرساخت‌های لجستیکی کشور موضوعیت می‌یابد. بر اساس مقررات موجود، از جمله آیین‌نامه‌های مربوط به ایمنی بنادر، آیین‌نامه‌ی مواد خطرناک و دستورالعمل‌های سازمان بنادر و دریانوردی، نگهداری چنین موادی باید تحت نظارت دقیق، با رعایت الزامات فنی و در شرایط ویژه صورت گیرد. قصور در اجرای این استانداردها، چه در سطح اجرایی و چه نظارتی، مسئولیت دولت را به‌عنوان مباشر یا ناظر بر عملکرد نهادهای اجرایی برمی‌انگیزد. در سناریوی دوم که احتمال خرابکاری و دخالت عوامل خارجی مطرح شده، مسئولیت دولت از منظر تامین امنیت ملی و حراست از مرزها و تاسیسات راهبردی برجسته می‌شود. مطابق با اصل ۲۱ منشور حقوق شهروندی و اصول متعدد قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران (از جمله اصول ۳، ۲۲ و ۴۰) دولت مکلف به اتخاذ تدابیر لازم برای حفظ امنیت جانی و اقتصادی مردم است. حتی در صورت اثبات نقش طرف خارجی در وقوع حادثه، بی‌توجهی به تهدیدات بالقوه و ضعف اطلاعاتی یا حفاظتی نهادهای ذی‌ربط می‌تواند مبنای شکل‌گیری مسئولیت باشد. در نظریه‌ی سوم که علت حادثه را به ضعف مدیریت و اشتباهات انسانی نسبت می‌دهد، مسئولیت حاکمیت از زاویه‌ی ساختارهای ناکارآمد و فقدانِ نظام پاسخگویی بروز می‌کند. نارسایی در سامانه‌های نظارت بر ورود و خروج کالا، آموزش ناکافی نیروهای مسئول و نبود فرآیندهای استاندارد شفاف، همگی به نوعی بی‌مبالاتی سازمان‌یافته دلالت دارند که در نظام حقوق اداری، می‌تواند مشمول عنوان «قصور اداری» یا «سوئعملکرد» شود. در چنین مواردی دولت نه‌تنها مسئول جبران خسارات وارده بر شهروندان است، بلکه موظف به پاسخگویی، شناسایی مقصران و انجام اصلاحات ساختاری نیز خواهد بود. در مجموع فاجعه‌ی بندر رجایی، فارغ از علت دقیق و نهایی آن، نمادی از چالش‌های عمیق ساختاری در نظام حکمرانی، مدیریت بحران و نظارت اداری در کشور است. این حادثه بار دیگر نشان داد که نبود شفافیت، ضعف در رعایت استانداردهای ایمنی، ناکارآمدی نظام پاسخگویی و نبود اراده‌ی موثر برای اصلاح ساختارهای نظارتی، چگونه می‌تواند به بروز فجایعی با ابعاد انسانی، اقتصادی و زیست‌محیطی گسترده منجر شود. از منظر حقوقی، مسئولیت حاکمیت در قبال چنین حوادثی نه‌تنها به بُعد اخلاقی یا سیاسی محدود نمی‌شود، بلکه به‌طور مستقیم در چهارچوب تعهدات قانونی، اداری و حتی بین‌المللی قابل پیگرد و مطالبه است. از این رو ضروری است که به جای تمرکز صرف بر مقصران میدانی یا روایت‌های حاشیه‌ای، بازنگری جدی در شیوه‌ی مدیریت بنادر، نظارت بر حمل‌ونقل و نگهداری مواد خطرناک و تقویت نظام حقوقی پاسخگویی در اولویت قرار گیرد. تنها از مسیر پذیرش مسئولیت، اصلاح ساختارها و التزام واقعی به اصول حاکمیت قانون می‌توان از تکرار چنین فجایعی جلوگیری کرد و اعتماد آسیب‌دیده‌ی عمومی را احیا نمود.